10月6日晚，清华大学原创话剧《马兰花开》走进中国人民解放军海军东海舰队，为海军官兵完美呈现了正式公演的第五十场演出。

当地时间9月26日，清华大学校长邱勇率团访问美国斯坦福大学，与本月刚刚就任校长的马克·特希尔-拉维尼（Marc Tessier-Lavigne）会面，商讨深化两校未来合作，并签署合作备忘录。期间，邱勇与斯坦福大学前任校长约翰·亨尼斯（John Hennessy）进行座谈，考察了斯坦福大学坎托艺术中心（Cantor Arts Center）、设计学院（d. school）等机构，并看望了在斯坦福学习的部分校友。清华大学副校长、教务长杨斌一同访问。

9月21日，清华大学生命学院杨茂君教授研究组在《自然》（Nature）期刊发表题为《哺乳动物呼吸体结构》（The architecture of the mammalian respirasome）的研究长文（Article），首次报道了迄今为止分辨率最高的线粒体呼吸链超级复合物——呼吸体的冷冻电镜三维结构。

今年是清华大学化工系成立70周年。在9月25日的系友返校日，来自海内外的化工系校友纷纷返回母校，以参加“清华化工人才培养与学科发展校友论坛”“清华化工校友主题沙龙”等方式共迎母系70华诞、共谋未来发展蓝图。校党委书记陈旭、常务副校长程建平和化工系校友、学校老领导张孝文、滕藤、黄圣伦等出席了当天上午的校友论坛。

北京时间2016年9月22日，清华大学医学院颜宁研究组与加拿大卡尔加里大学陈穗荣研究组合作，在《科学》期刊在线发表研究长文，揭示了目前已知分子量最大的离子通道Ryanodine受体RyR2亚型处于开放和关闭两种状态的三维电镜结构，探讨了RyR2的门控机制，并提出中心结构域极可能是控制心肌钙离子通道RyR开放的关键。